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一个基于软件设计模式的生物信息存储模式


  摘 要:为了消除各生物信息学数据库之间的模式异构问题,根据生物信息的存储现状,提出了一种存储模式。该模式从物种、类别、基本信息、功能和测序方法五个方面对数据中的信息进行抽象。运用了软件设计模式的思想,通过“派生”“组装”等面向对象的方法生成与模式对应的XML schema文件。抽象出的存储模式不但能使数据之间的关系更加紧密,而且可以形成交叉索引的完整生物信息体系。

  关键词:生物信息抽象; 生物数据存储模式; 设计模式; 可扩展标记语言

  中图分类号:Q811.4文献标志码:A

  文章编号:1001-3695(2010)07-2598-04

  doi:10.3969/j.issn.1001-3695.2010.07.055

  Storage pattern of bio-information based on software design patterns

  YANG Jin-cai, ZHAO Sen, LIU Xiao-jiao, HU Jin-zhu

  (Dept. of Computer Science, Huazhong Normal University, Wuhan 430079, China)

  Abstract:For eliminating the pattern heterogeneous between bio-information databases, this paper proposed a storage pattern according to the current storage status of biological data, which abstracted data information from five aspects, including species, category, basic information, function, and sequencing method. Generated the corresponding XML schema files by using concepts of design patterns and some object-oriented means like “deriving” and “assembling”. This storage pattern can not only make the relationships between biological data more close, also can form a complete biological information system with cross-index.

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