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RE-OEM:一种半结构化生物数据的信息抽取模型


□ 曹顺良 刘 杰 王 健 刘念祖 李亦学

  摘 要:在分析半结构化生物数据特点的基础上,提出了一种新的半结构化数据抽取模型REOEM。它将OEM数据模型和正则表达式有机地结合起来,不但能够灵活方便地表示各种数据结构,而且能够非常方便地进行模式匹配和数据的定位,为半结构化生物数据的抽取打下坚实基础。
  
  关键词:半结构化;生物数据;抽取模型;OEM数据模型;正则表达式
  中图分类号:TP393.04 文献标志码:A
   文章编号:1001-3695(2008)09-2647-04
  REOEM:model for information extraction from semistructured biological data
  CAO Shunliang1,2,LIU Jie2,WANG Jian3,LIU Nianzu2,LI Yixue4
  (1.Dept. of Information Science, Shanghai Lixin University of Commerce, Shanghai 201620 ,China; 2.School of Management, Fudan University, Shanghai 200433 ,China; 3.School of Life Science, Shanghai University, Shanghai 200444, China; 4 Shanghai Center for Bioinformation Technology, Shanghai 200235, China)
  Abstract:In the biological data integration process, it is key to extract information, with specific integration goal in mind, from semistructured data and represent this information in a structured manner.This paper proposed REOEM based on analysis of biological data characteristics. It combined OEM data model and regular expression to represent data structure. It facilitates data extraction from semistructured biological data by enabling convenient pattern matching and data locating. ......
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