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基于标准结构熵的PPI网络可靠性研究


□ 李 敏 陈建二 王建新

  (中南大学 信息科学与工程学院, 长沙 410083)
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  摘 要:由蛋白质相互作用构成的PPI网络的拓扑特性分析是后基因组时代最重要的研究课题之一。应用标准网络结构熵对DIP数据库中七个物种的八个PPI网络的异质性和可靠性进行分析与研究。分析结果表明,这些PPI网络具有典型的无尺度特性,对随机移除不超过10%的顶点都具有很好的鲁棒性,但对有选择地移除2%的高度顶点就开始表现出极弱的抗攻击性。
  关键词:系统生物学; 蛋白质相互作用网络; 鲁棒性; 脆弱性; 熵
  中图分类号:TP391 文献标志码:A
   文章编号:10013695(2009)01009702
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  Research on robustness of PPI networks based onnormalized entropy
  LI Min, CHEN Jianer, WANG Jianxin
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  (School of Information Science & Engineering, Central South University, Changsha 410083, China)
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  Abstract:Analysis of the topology characters of PPI network composed of proteinprotein interactions is one of the most important issues in the postgenomic era. This paper analyzed the heterogeneity and robustness of 8 PPI networks of 7 species in DIP database by using ormalized entropy. Analysis shows that these PPI networks are all scalefree, which are robust against the random removal of not more than 10% nodes, but are vulnerable to the removal of 2% nodes of high degree.
  Key words:system biology; proteinprotein interaction network; robustness; lethality; entropy
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  蛋白质是生命活动的物质基础,其相互作用在生命活动中起核心作用。随着蛋白质相互作用测定技术的发展,大量的蛋白质相互作用数据被获得。根据获得的蛋白质相互作用数据可以在基因组范围内呈现所有蛋白质之间的关系,即蛋白质相互作用网络,简称PPI网络。 ......
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